Fruto da competência na prestação de cuidados de saúde, nível de especialização e capacidade de investigação, o Centro Hospitalar Universitário de Santo António (CHUdSA) aloca 16 Centros de Referência, nas áreas de:
Coagulopatias Congénitas
Doenças Hereditárias do Metabolismo
Epilepsia Refratária
Fibrose Quística
Implantes Cocleares: em conjunto com o Centro Hospitalar Universitário de Coimbra
Neurorradiologia de Intervenção na Doença Cerebrovascular: em conjunto com o Centro Hospitalar Universitário de São João
Oncologia de Adultos — Cancro do Esófago
Oncologia de Adultos - Cancro do Testículo: em colaboração interinstitucional com o Instituto Português de Oncologia do Porto, Francisco Gentil (IPO-PORTO)
Oncologia de Adultos - Sarcomas das Partes Moles e Ósseos
Oncologia de Adultos - Cancro do Reto
Oncologia de Adultos - Cancro Hepatobiliopancreático
Paramiloidose Familiar
Transplantação Renal Pediátrica
Transplante Renal de Adultos
Transplante do Pâncreas
Transplante Hepático de Adulto
